Hubočan je odchovanec akadémie MŠK Žilina, za A-tím "šošonov" hral v rokoch 2004–2007. V priebehu sezóny 2007/2008 zamieril do Zenitu Petrohrad, neskôr pôsobil aj v ďalšom ruskom klube Dinamo Moskva. Nasledovali zastávky v Olympique Marseille, Trabzonspore, Omonii Nikózia a naposledy obliekal dres Karmiotissy. V minulej sezóne odohral za cyperský klub 27 ligových zápasov.

Hubočan patril dlhé roky medzi reprezentačné stálice. V národnom tíme si pripísal 73 štartov, predstavil sa aj na EURO 2016 a 2020. Reprezentačnú kariéru ukončil v decembri 2021.

„Tomáš je náš odchovanec, v zahraničí pôsobil pätnásť rokov. Bol významný hráč v reprezentácii, v ktorej odohral okrem vyše sedemdesiatky zápasov aj dve majstrovstvá Európy. Preto je pre nás všetkých významnou osobnosťou. Nielen z pohľadu futbalovej kvality, ale aj charakteru. Sme veľmi šťastní, že sa nám podaril tento krok. Boli sme dlhšie v kontakte, už vlani sa pripravoval pred pôsobením na Cypre s naším B-tímom. Hľadali sme ten vhodný moment, kedy by sa to mohlo podariť. Samozrejme, zásadné rozhodnutie prišlo aj z jeho strany, kedy sa chcel s rodinou vrátiť späť na Slovensko. To bol impulz, aby sme začali intenzívnejšie rokovať o konkrétnych veciach,“ uviedol pre web MŠK športový manažér "žltozelených" Karol Belaník.

„Tomáš sa chcel rozlúčiť s kariérou v klube, z ktorého vyšiel do zahraničia. Naša filozofia je známa, ale nikdy sme sa nebránili takejto možnosti. Máme očakávania, že pomôže v šatni a obrovskými skúsenosťami aj na ihrisku,“ povedal Belaník. Hubočan má za sebou dlhší herný i tréningový výpadok, preto hneď nenaskočí do zápasov: „Nakoľko mal niekoľkomesačnú pauzu od spoločných tréningov i zápasov a trénoval iba individuálne, nastavili sme si istý režim. Postupne sa bude zapájať do tréningového procesu a akonáhle sa bude cítiť dobre, tak nám dá signál. Pri jeho nasadení do zápasov tak budeme musieť byť trpezlivejší.“