Ráno 9. augusta 1945 sovietske vojská obsadili Mandžusko a ostrov Sachalin, ale japonská vláda stále nevydala žiadne vyhlásenie o kapitulácii po ničivom zbombardovaní Hirošimy zo 6. augusta. O 3:47 hodine vzlietol z ostrova Tinian bombardér s prezývkou Bockscar. Pilotoval ho major Charles Sweeney.

Nákladom nazvaným Fat Man bola plutóniová implozívna bomba podobná tej, ktorá bola odpálená pri teste Trinity 16. júla 1945 v USA. Na rozdiel od hirošimskej bomby Little Boy bol Fat Man plne zmontovaný, keď ho naložili na palubu Bockscaru a krátko po štarte uviedli zariadenie do aktívneho stavu. Rovnako ako v prípade bombardovania Hirošimy, útočnému lietadlu predchádzali iné lietadlá B-29, ktoré vykonávali meteorologický prieskum, a nad hlavným cieľom – mestom Kokura – bola hlásená ľahká hmla, ale relatívne jasná obloha.

Zdroj: TASR

Približne o 9:45 hodine Bockscar dorazil nad Kokuru, ale v tom čase sa viditeľnosť už značne zhoršila. Oblasť zakrývali husté mraky a opar, pravdepodobne v dôsledku bombardovania neďalekého mesta Jahata počas predchádzajúcej noci zápalnými bombami. Pilot ani po troch preletoch nad mestom nemal jasný výhľad na cieľ – obrovský zbraňový arzenál mesta. Bombardér zotrval nad Kokurou zhruba 45 minút, a obavy z ubúdajúcich zásob paliva a japonskej protilietadlovej obrany priviedli posádku k záveru, že treba pokračovať k sekundárnemu cieľu. Sweeney otočil lietadlo na juh smerom k mestu Nagasaki.

Z geografického hľadiska nebolo Nagasaki ideálnym cieľom. Zatiaľ čo Hirošima bola rovinatá a bombardér mal za cieľ vizuálne výrazný bod v blízkosti centra, mestská oblasť Nagasaki bola rozdelená na dve pobrežné údolia oddelené pásom kopcov. Bockscar sa dostal do vzdušného priestoru Nagasaki krátko pred 11.00 h, mesto však bolo zahalené ešte hustejšími mrakmi než Kokura. V tom čase malo lietadlo už tak málo paliva, že Sweeney informoval posádku, že budú môcť nad mestom preletieť len raz.

Na sever od zamýšľaného cieľa sa v mrakoch objavila medzera a bombardér uvoľnil bombu. Keď klesla do výšky 500 metrov, o 11:02 hodine explodovala nad údolím Urakami, severozápadne od centra mesta. Odhaduje sa, že 40-tisíc ľudí zahynulo na mieste a najmenej 30-tisíc ďalších do konca roka podľahlo zraneniam alebo otrave rádioaktívnym žiarením. Presné spočítanie počtu obetí by bolo nemožné, pretože mnoho záznamov bolo zničených bombou.

Zdroj: TASR

Približne 40 percent budov mesta bolo úplne deštruovaných alebo vážne poškodených, ale značná časť Nagasaki – najmä juhovýchodná priemyselná a vládna štvrť – zostala relatívne nepoškodená.

Bockscar bol pri odlete zasiahnutý prvou zo série tlakových vĺn a pozorovacie lietadlá zhotovili fotografie hríbovitého mraku, ktorý sa vzniesol vysoko do atmosféry. Vzhľadom na čoraz zúfalejšiu situáciu s palivom sa Sweeney nemohol vrátiť na Tinian, a tak nasmeroval Bockscar na ostrov Okinawa, kde s lietadlom núdzovo pristál.

Vojnu o vládu nad Tichým oceánom začalo Japonsko v decembri 1941 útokom na vojenskú základňu USA Pearl Harbor na Havaji. Ukončenie bojov Tokio odďaľovalo aj napriek faktu, že všetky územia, ktoré počas vojny okupovalo, boli už oslobodené. Japonský cisár Hirohito si však niekoľko dní po zhodení druhej atómovej bomby vynútil od svojho vojenského velenia súhlas na uzavretie prímeria a 15. augusta vyhlásil kapituláciu. Dňa 2. septembra 1945 Japonci formálne podpísali v Tokijskom zálive na palube americkej bojovej lode USS Missouri (BB-63) bezpodmienečnú kapituláciu Japonska. Tým sa definitívne skončila druhá svetová vojna v Tichomorí i celkovo.